I
В этом пункте показано выравнивание двух последовательностей. В качестве первой последовательности взяты первые 60 букв из последовательности моего белка (ALKH_ECOLI); в качестве второй — её искуственно измененный (Artificial).А также добвлена третья строчка, содержащая следующие символы: звездочку *, если буквы в данной позиции совпали, точку, если они разные, и минус –, если одна из последовательностей содержит гэп. Ниже приведен рсчет веса выравнивания по формуле W = M – X – G где M — число позиций выравнивания, в которых обе буквы одинаковы; X — число позиций выравнивания, в которых буквы разные, G — число гэпов.
W=(18+26+11)-5-(2+6+5+29)=8
II
В файле second_aln.msf находится другое выравнивание двух последовательностей моего белка и его гомолога из генома Vibrio cholerae.Совпадающие остатки выделены цветом: темно-синим — буквы, красным — фон